Ilyen sikerek után még az iparágat és a politikát közelről ismerők számára is teljes meglepetés volt, amikor két nappal a nevezetes, 2008. március 9-i („vizitdíjas”) népszavazás után Gyurcsány Ferenc bejelentette Kocsis azonnali leváltását, és az MVM-mel kapcsolatos minden fontos kérdés teljes újragondolását. Természetesen rögtön megindultak a találgatások. S miután Kocsis és az MVM igen sok szálon kapcsolódott a magyar gazdasági és politikai élet legfontosabb történéseihez, a média15 és a szakmai körök a legkülönfélébb egymást kiegészítő, illetve egymást kizáró találgatásokkal álltak elő:

Akármi volt is a kormány, pontosabban szólva Gyurcsány Ferenc valódi szándéka, a gyors megvalósítás útjában jogi akadályok álltak. Kiderült, hogy Kocsis leváltására leghamarabb a társaság májusban megrendezendő éves közgyűlésén kerülhet csak sor. Időközben viszont felbomlott a kormánykoalíció, az MSZP kisebbségi kormányzásra kényszerült, ezért sokak szemében reális lehetőségnek tűnt, hogy Kocsis ezt a válságot is túl fogja élni. „Soha még gazdasági kérdésekben ekkora nyomás nem nehezedett rám annak érdekében, hogy változtassak a véleményemen” – mondta Gyurcsány Ferenc egy budapesti versenyhivatali konferencián, miközben az MVM székházában éppen folyt a májusi, éves rendes közgyűlés és Kocsis leváltása. Az említett konferencián Gyurcsányon kívül más gazdasági vezetők is felszólaltak. Mindannyian azt ígérték, hogy a MVM és a Mavir szétválasztása gyorsan meg fog történni, és mind a két társaság tőzsdére megy. (Ennek épp az ellenkezője történt. 2009 utolsó napjaiban, 95%-os többséggel egy törvénymódosítást fogadott el az Országgyűlés, melynek eredményeként az MVM-nek nem kell eladnia a Mavirt vagy a Mavirnak a hálózatát. A Mavir „független rendszerirányító”-ként a cégcsoport része marad.)

Gyurcsány saját terveihez végül nem volt képes erős szakmai támogatást szerezni. Bár Kocsis menni kényszerült, helyére olyan emberek kerültek, akik a korábbi évtizedek során mindvégig a villamosenergia-lobbi érdekeit képviselték, zsigeri alapon ellenezték a privatizációt (pl. Lengyel Gyula, Pál László), sőt ezzel egy időben távozni kényszerültek az MVM IG-jéből és FB-jéből az SZDSZ által delegált, privatizáció- és versenypárti szakértők is.22 A Kocsis-korszak tehát Kocsis István leváltása után is folytatódott.

2008. augusztus végén még úgy volt, hogy az ÚTP keretében a MVM 75%-át, illetve a Mavir 25–50%-át kívánja tőzsdén értékesíteni a kormány. De ez az elkötelezettség sem tartott sokáig. 2008 szeptemberében – a nemzetközi pénzügyi válság közepette – az ÚTP-t hivatalosan is felfüggesztették. Ebben a pillanatban az egyik legbefolyásosabb MSZP-s energiapolitikus hirtelen megfordította a Pakssal kapcsolatos érvelést is: „Most, hogy a parlament döntött a Paksi Atomerőmű bővítéséről, azt a stabilitást, ami az energetikában kialakult, különösen kár volna megbontani” – nyilatkozta Podolák György, a párt gazdasági kabinetjének vezetője.23 2009-ben a Bajnai-kormány több fontos energiapolitikai területet is lefedő megállapodást írt alá a német E.ON-csoporttal, melynek egyik része éppen arra vonatkozott, hogy az MVM milyen további lépéseket tehet saját vertikális integrációjának erősítésére. Cserébe a német közszolgáltató óriás biztosította a kormányt a Gönyű térségébe tervezett 400 M € értékű erőműberuházás folytatásáról.24

Egészen furcsa módon 2009 tavaszán visszamenőleges támadás is érte Kocsis Istvánt. Március végétől egészen augusztus közepéig hetente jelentek meg újabb és újabb hírek arról, hogy 2007-ben és 2008-ban Kocsis számos olyan üzleti döntést hozott, amellyel megkerülte a társaság vezető testületeit és amelyek összességében nem csak 35 Mrd Ft-ra becsülhető25 kárt okoztak a holdingnak, de felvetették a korrupció gyanúját is (9.8.). Mint ahogyan az ilyenkor gyakran történik, a zavaros számlaügyekre először a társaság könyvvizsgálója bukkant rá az éves mérleg készítésekor. Az első híradások szerint Kocsis nem is tagadta, hogy elfogadhatónak tartja, ha az MVM balkáni privatizációs terjeszkedése érdekében, offshore cégeken keresztül „alkotmányos költségek” kifizetésére került sor.26

A választásokat követően – egy névtelen feljelentés alapján – az NNI két további tranzakció kapcsán is nyomozni kezdett.28 Az MVM új vezetése megrendelésére újabb jogi szakvélemény készült, amely az MVM-hez és a Paksi Atomerőműhöz köthető 10 ügyet értékelt büntetőjogi és polgárjogi szempontból. Korrupció, csalás vagy sikkasztás gyanújáról már szó sem esett a jelentésben. A tanulmány végkövetkeztetése az volt, hogy legfeljebb a hűtlen kezelés gyanúja vetődhet fel, de az is csak 6 esetben. Az idő múltával a feltételezett pénzügyi veszteségek összértéke is jelentősen csökkent. Az első híradásokban felmerült 35 Mrd Ft-tal szemben már csak 2,8 Mrd Ft értékvesztés lekönyvelését tartotta indokoltnak a társaság vezetése.29 Az NNI által 2012 augusztusában benyújtott vádirat bűnszervezetben elkövetett hűtlen kezeléssel és 15 Mrd Ft-nyi kár okozásával vádolta meg Kocsist és további 6 személyt – köztük Kovács Józsefet, a Paksi Atomerőmű korábbi vezérigazgatóját, Kapolyi Lászlót és Szász Andrást. A vádirat benyújtásakor hat tranzakciót – egy ingatlanvásárlást, több tanácsadói szerződést és fedezet nélkül nyújtott hitelt – tartott az ügyészség törvénytelennek, további ötben még folytatni kívánták a nyomozást.30 Ezen vádak alól Kocsist elsőfokon felmentették. Másodfokon viszont, 2016 májusában a Pécsi Ítélőtábla hatályon kívül helyezte az elsőfokú ítéletet; egyúttal Kocsissal és három társával – a 2., a 7. és 8. rendű vádlottal – szemben új eljárás lefolytatását rendelte el. 2019 végén, harmadfokon, a Kúria hűtlen kezelés és más bűncselekmények miatt, jogerősen 5 év börtönbüntetésre ítélte Kocsist és még 2 millió forint büntetést is kiszabott rá. Szász András bűnsegédként 3 év letöltendőt kapott, és kötelezték, hogy 48 millió forintot fizessen vissza a Paksi Atomerőműnek. A harmadik vádlott, Sabján László 2 év felfüggesztett börtönt kapott.