A folyami hajózás Magyarország és a MAHART számára is elsősorban a dunai hajózást jelentette, bár a Tiszán és a többi folyón is volt, illetve van forgalom. A vízi közlekedés relatív versenyképessége azonban folyamatosan csökkent, ahogy az áruszállítás egyre inkább a közutakra terelődött, a lakosság körében pedig általánossá vált a saját személyautó. Az iparág 1989 óta tartó leépülésének részben az is az oka volt, hogy a Duna egy évben legfeljebb csak 200 napig hajózható, és 53 útakadály (főként homokpadok, melyek a kavicsbányászat után maradtak) nehezíti a hajózást. Ha pedig a normálisnál nagyobb a vízszintingadozás, akkor az útzár 200 napnál is hosszabb lehet.1 Teherszállításból a Duna felső szakaszán – vagyis Budapesttől északra – tehát csak akkor lehetne biztos üzleti eredményre számítani, ha a vízállás többé-kevésbé stabil lenne. Ezért voltak a hajózási szakemberek mindvégig a bős–nagymarosi erőmű támogatói. A helyzet bonyolultságát jelzi, hogy a tartósan magas vízszint is gondot okozhatott volna a MAHART-nak. Azok a cégek ugyanis, amelyek az alacsony vízállás miatt „menekülnek” a Dunáról, a két méternél is mélyebb merülési lehetőség estén jelentős konkurenciát jelentenének a hazai cégnek. Azt is fontos hangsúlyozni, hogy Európa nyugati és északi országaiban területegységre vetítve kb. 10-szer nagyobb a hajózható folyóvizek sűrűsége – egyszerűbben szólva a folyami rendszeren keresztül sokkal több település érhető el vízi úton.

 

Személyszállítás. A dunai személyszállítás kezdettől fogva veszteséges volt, amit részben a költségvetésből származó jegyár-kiegészítés fedett, részben a MAHART keresztfinanszírozással ellentételezett.2 A Duna pesti rakpartján fekvő, engedéllyel rendelkező folyami kikötőket ugyanis a főváros kedvezményes áron adta bérbe, és ez a 10 kikötési pont lehetőséget adott a MAHART-nak arra, hogy a monopolhelyzetet kihasználva magas bérleti díjat szedjen a Budapesten kikötni szándékozó szálloda- és turistahajóktól.

 

Áruszállítás. 2004 tavaszán a folyami áruszállítást végző, 2 Mrd Ft-os saját és ugyanakkora jegyzett tőkével rendelkező – ám közel 0,5 Mrd Ft-os veszteséget termelő – MAHART Duna-Cargo Kft.-t is privatizálta az ÁPV Rt. Pontosabban szólva az ÁPV Rt. a MAHART nevében bonyolította le az eljárást, és a MAHART-ot illette meg a privatizációs bevétel is. A 19 géphajóból, öt önjáró hajóból és 62 üzemképes bárkából álló, 120 ezer tonna áru szállítására alkalmas flotta eladásából legkevesebb 500 M Ft-ot remélt a vagyonkezelő. Az öt ajánlattevő között volt a Masped, a Dunaferr, valamint több kisebb német cég is. Végül a nemrégen államosított osztrák DDSG nyerte a pályázatot,11 ezért lett az eladás után a cég új neve DDSG Duna-Cargo.12 Az éles versenyben a DDSG-Cargo GmbH. 4,2 M €-t (≈ 1,063 Mrd Ft) ajánlott a folyami áruszállító cég 99,93%-os pakettjéért. A nyertes pályázó kötelezettséget vállalt arra is, hogy egy éven belül, 1,2 Mrd Ft-tal megemeli a társaság törzstőkéjét. Második helyen a Bavaria Schiffahrts- und Speditions-AG végzett, a harmadik helyet a Plimsoll Kft. és a Masped Rail Kft. konzorciuma szerezte meg,13 és volt egy szlovák érdeklődő is.