A MAHART–Szabadkikötő Rt. 2003. november 1-jével kezdte meg önálló tevékenységét. Az ÁPV Rt. a KPMG Hungária Kft.-t bízta meg a tanácsadói feladatokkal és a pályázat lebonyolításával. A KPMG derítette ki, hogy a cég privatizációját nem a társaság részvényeinek, hanem a kikötő üzemeltetési jogának önálló jogként történő értékesítése útján lehet csak megvalósítani, tekintettel arra is, hogy a Szabadkikötőt országos közforgalmi kikötő minősítése teszi vonzóvá a befektetők előtt, illetve a minősítés nagymértékben befolyásolja az értékét. Az országos közforgalmi kikötő területe a Ptk. szerint kizárólagos állami tulajdon, így a működési jogokkal együtt nem privatizálható. A kikötőüzemeltetés lehetőségét szerződésben definiált jogok összességeként, egyösszegű megváltási díj ellenében a MAHART–Szabadkikötő Rt. értékesíti.

Az első privatizációs pályázat 2005-ben, a második 2006-ban volt. Mindkettő csalódást keltő eredményt hozott – ezért félbeszakították, illetve érvénytelenné nyilvánították. Az első pályázat, amelyet 2005 júliusában hirdettek meg, nyilvános és háromfordulós volt az átalakuló MAHART–Szabadkikötő Rt.-ből szétválással létrejövő Budapesti Szabadkikötő Logisztikai Rt. részvényeinek megvásárlására. A privatizációs pályázaton csak a kikötő 75 éves üzemeltetési jogával rendelkező, 355 M Ft jegyzett tőkéjű logisztikai cég 99%-os tulajdoni hányadára lehetett pályázni. Az új MAHART–Szabadkikötő Rt. továbbra is tartós állami tulajdonban maradt volna a vagyonát képező földterülettel, a felépítményekkel és az infrastruktúrával együtt. A kikötő területe 128 hektár, amihez további 45 hektár vízfelület tartozik. A beépítetlen és fejleszthető ingatlan területe 38 hektár. A kikötőben többek között 27 km hosszúságú vasúti pályával rendelkező pályaudvar, konténerterminál, gabonatárház, raktárkomplexum, nyitott rakodótér, hűtőház és személygépkocsi Ro-Ro terminál található. Az első fordulóra július 22-én lehetett jelentkezni, a további fordulóban a részvétel feltétele ötéves kikötői terminál- vagy kikötőüzemeltetési tapasztalat volt. A privatizáció céljaként az árbevétel maximalizálása mellett a tevékenység fenntartását és a fejlesztési források biztosítását jelölte meg az ÁPV Rt. szakmai befektető bevonásával. Ilyen feltételek mellett jelentkezést nyújtott be a dortmundi Rhenus AG & Co. KG, a regensburgi székhelyű M. Preymesser GmbH & Co. KG és az ÁTI Depo Közraktározási Rt. Ennek ellenére az ÁPV Rt. úgy döntött, hogy egyetlen jelentkezőt sem hív meg a második fordulóba. A következő pályázaton a Waberer-csoporthoz tartozó Multicont Terminal Szolgáltató Kft.–Erdért Zrt. konzorcium lett a nyertes. Ők 5 Mrd Ft-os vételár fejében5 2006 augusztusában vették át a céget, miután 13 Mrd Ft értékű fejlesztést vállaltak a szabadkikötőre, 10 éves futamidővel. A Csepeli Szabadkikötő a privatizáció évében 150 milliós veszteséget termelt, az új tulajdonosok irányítása mellett az első teljes üzleti évben már 427 M Ft-os üzemi eredményt könyvelt el, az értékesítés nettó árbevétele pedig csaknem tízszeresére nőtt.6

A MAHART Tiszayacht Kereskedelmi és Szolgáltató Kft. 71,4%-os üzletrészének értékesítése 2005-ben zárult le, új tulajdonosa az O.D.B.–Duna Folyamszabályozási Kft. lett.7 A cég 1996 januárjában alakult, és a MAHART egykori szegedi–tápéi hajójavító telepén, vagyis a Tisza partján üzemelt. A bruttó vételár 54,5 M Ft volt.