A komplementfehérjéket, szabályozó molekulákat és receptorokat kódoló gének pontosan ismertek és klónozottak (lásd 3.5.1A táblázat–3.5.1F táblázat). Igen érdekes, hogy a komplementrendszer számos tagjának génje csoportosan helyezkedik el a genomban. Ennek legismertebb példája a 6-os kromoszóma rövid karján az ún. centrális MHC-régióban (ezt a régiót III-as osztályú MHC-nak is nevezik) található géncsoport, amely magában foglalja a C2-, a C4A-, C4B- és a B-faktor génjeit. A gének fehérjetermékei felépítés- és működésbeli hasonlóságot mutatnak. A C4A és a C4B például csupán néhány aminosavban tér el egymástól, ennek azonban fontos szerepe van a hemolitikus aktivitásban. Ez a géncsoport igen szoros kapcsoltságot (szoros együttes öröklődést) mutat a szomszédos génekkel és az I. és II. osztályú MHC-génekkel. A centrális MHC-régióban a sejtek és a szervezet elemi működéseit (pl. stresszválasz, szteroidhormon-szintézis, immunológiai működések, vasanyagcsere) szabályozó géneket találunk. Az MHC-I-, -II-, -III-gének nagyfokú változatosságot mutatnak, és alapvető jellegzetességük a „befagyott” haplotípusokban történő öröklődés. Ez azt jelenti, hogy az MHC-régióban a crossing-over kisebb valószínűséggel fordul elő, mint a genom többi részében, vagyis az itt található gének közösen kapcsoltan öröklődnek tovább, ezekben változékonyság nem mutatható ki (kiterjesztett, ősi haplotípusok).

Általánosságban elmondható, hogy a komplementfehérjék polimorf molekulák, allélikus variációik különböző gyakorisággal fordulnak elő az egyes populációkban. Vörösvértesteken egyes komplementfehérjék eltérő allélikus változatait mint minor vércsoportantigéneket is azonosították (pl. a C4A és a C4B a Rodgers és a Chido vércsoportantigének, míg a DAF hiánya a Cromer rendszerben ismert Inab fenotípust jelenti). A komplementfehérjék polimorf formáinak vizsgálata immunszerológiai módszerekkel lehetséges, azonban ezeket a technikákat az elmúlt időben egyre inkább az eltérések nukleinsav szintű meghatározása váltotta fel.