Az egér MHC-régióban is találhatók nem klasszikus MHC-molekulákat kódoló lókuszok, mint a H-2M, H-2Q és a H-2T gének. Az MHC-III-szakaszban (egérben S régió) a C4-gént (megfelel az emberi C4B-génnek) és egy hemolitikusan inaktív, csak hím egerekben kifejeződő C4-szerű fehérjét, az Slp (sex-limited protein) fehérjét kódoló géneket mutatták ki. A telomer irányában az S régióban is a B-faktor és a C2 következik. A TNFα és az LTα-géneket követően egérben két MHC-II-gén, a H-2D és a H-2L helyezkedik el.

Emberben és egérben (sőt számos adat szerint az összes emlős és madár esetében is) az MHC-lókuszok filogenetikailag konzerváltak, amit a HLA-A-, B-, C- és a H-2K-, H-2D- és H-2L-gének, valamint a HLA-DP-, DQ-, DR- és az I-A- és I-E-gének hasonlósága is mutat. Az ebben a régióban kódolt több fehérje szerepe még kérdéses, pl. a Tla-gének által kódolt MHC-I-szerű polipeptideket leukaemiás sejteken és thymocytákon mutatták ki. Az emberi és az egér MHC-gének hasonlósága feltehetően annak a filogenetikai eseménynek a következménye, amely az emlősök MHC-régiójának kialakulása a rágcsálók és a főemlősők szétválása előtt következett be.

Az egyedi MHC-gének szerveződése (3.6.6. ábra) az emlősökben nagyon hasonlít egymásra. A szabályozó szakaszok után az első 5’ exon a szignálpeptidet kódolja, majd az MHC-I-génekben az α-lánc 1,2 és 3 régiójának ~90 aminosavból álló szakaszát meghatározó exonok következnek. Külön exonok felelnek meg a transzmembrán és a citoplazmatikus szakasznak. Az MHC-II A- és B-gének 2-2 extracelluláris exont, transzmembrán és citoplazmatikus szakaszokat kódolnak. Minden MHC- gén esetében a 3’ végen nem transzlálódó szakasz(ok) található(k), az 5’ vég reguláló elemei, az enhancerek pozitív vagy negatív irányba ható transzaktivációs fehérjéket kötnek, ezek körül legismertebb az interferon-γ (IFNγ) által szabályozott CIITA transzaktivátor. Szabályozó szerepük eredményeként az MHC-I-molekulák sejtfelszíni mennyisége a különböző sejtekben jelentős eltéréseket mutat, de egy sejttípuson belül is függ a sejt aktiváltsági állapotától. Tumorsejteken pl. gyakran csökken az MHC-fehérjék megjelenése a sejtmembránban. Az MHC-gének 5’ végén külön regulációs szakaszok felelősek a citokinek, pl. az interferonok által kiváltott szabályozó hatásokért. Az MHC-II-gének régiójában még három, az MHC-II-osztályú molekulák expresszióját szabályozó W (H), X és Y box elem is kimutatható. Az MHC-gének különleges sajátossága, hogy a legtöbb eukariota génnel ellentétben az exon szintű genetikai polimorfizmus legalább olyan mértékű, mint az intronokban. Ez a filogenetikailag általánosnak nevezhető jelenség is alátámasztja azt a nézetet, hogy az MHC-gének és termékeik genetikai sokfélesége populációgenetikai szempontból nagy biológiai jelentőséggel bír. Az MHC-allotípusok fehérje- és DNS-szintű vizsgálatával lényeges genetikai-antropológiai kutatási irány bontakozott ki. Az MHC-régióban molekuláris genetikai eljárásokkal sikerült néhány evolúciósan is rögzült ún. „szupermotívumot” felismerni, ezek etnikai eloszlása további populációs genetikai markerként használható.