Az emberi csírasejtekben az immunglobulin nehézlánca és két könnyűlánca (κ és λ) három különböző kromoszóma meghatározott lókuszán, a 4.3.1. ábra alapján szerveződik. (Az ábrán láthatóhoz nagyon hasonló a többi emlős immunglobulin génjeinek szerveződése, habár a kromoszomális elrendeződés, és az egyes génszegmensek száma eltérő.)

 

 

Az immunglobulin génrégiókban variábilis (V), konstans (C) és az ezeket összekötő kapcsoló (J) gének találhatók. A nehézlánc esetén egy további típus, a diverzitás (D) régió is lokalizálódik. Az egyes kódoló géneket nem kódoló DNS szakaszok választják el egymástól. Az immunglobulin lókuszok 5' végen helyezkedik el a V-gének csoportja, hosszuk génenként kb. 300 bázispár (bp). A V-gének száma az egyes láncok esetén eltérő, a nehézlánc lókuszán kb. 45, a κ-lókuszon mintegy 35, és a λ-lókuszon csaknem 30 V-gén található. A V gének jelentős méretet ölelnek fel az egyes lókuszokon (közel 2000 kilobázis). Bár a V-gének mindegyike eltér egymástól, vannak közöttük egymással nagyobb homológiát mutatók. A szekvencia hasonlóság alapján a V-géneket családokba sorolták. Ezeknek a családoknak a tagjai 70–80%-os homológiát mutatnak egymással, és feltehetően egy közös ősgénből, egymást követő génduplikációk révén jöttek létre. Az egyes V gének elején nagyjából 90 bp hosszúságban 20–30 aminosavat kódoló hidrofób ún. szignálszekvenciák (L) mutathatóak ki. Ezek a szakaszok felelősek azért, hogy a transzlálódó fehérje az endoplazmatikus retikulumba kerüljön, ahol a fehérjék érése során lehasadnak.

 

 

A V- és a C-régió között, kisebb-nagyobb nem-kódoló DNS szegmensekkel elválasztva, 30–50 bp hosszúságú J (joining; kapcsoló) és csak a nehézláncokban D (diverzitás) génszegmensek is találhatók. Az emberi nehézlánc lókuszon, a C-génekhez közel, egy 6 génből álló J-család; a J- és a V-gének között pedig egy 20 D génből álló család lokalizálódik. A κ lókuszon öt J-szegmens, a λ-lókuszon pedig minden egyes C-gén előtt áll egy J-szegmens. A későbbiekben részletezett rekombinációs mechanizmus összekapcsol egy-egy V-, D- és J-szegmenst (a könnyűláncok esetén csak egy V és egy J szegmens kapcsolódik) és létrehozza az immunglobulin variábilis részét kódoló genomikus elemet. Míg a V génekben vannak kódolva a CDR1 és CDR2 szakaszok, addig a D-J (könnyűláncok esetén csak a J) szegmensek a V-régió karboxiterminális végeihez kapcsolódva hozzák létre a variábilis régió harmadik hipervariábilis részét, a CDR3-at.