A nyirokcsomók tokkal körülvett szervek, melyek reticularis struktúrája nagyszámú lymphocytát, dendritikus sejtet és macrophagot tartalmaz (2.8. ábra). A nyirokcsomók három „rétegből” állnak: a kéregből (cortex), paracortexből és velőből (medulla). A kéreg legkülső rétege elsősorban B-lymphocytákat, macrophagokat tartalmaz. A B-sejtek kisebb csoportokban fordulnak elő, ezeket primer folliculusoknak (tüsző) nevezik. Antigéninger hatására a primer folliculus megnagyobbodik, másodlagos folliculusszá alakul, sejtjei koncentrikus körökben veszik körül a germinális centrumot. Ez a struktúra osztódó B-lymphoblastokat, plazmasejteket, macrophagokat és follicularis dendritikus sejteket foglal magába. A mintegy 6 órás sejtciklus során itt történik a B-sejtek aktivációja és a velőállományba vándorló plazmasejtekké, illetve helyben maradó B-memóriasejtekké differenciálódása. A B-sejtek „affinitásérése”, illetve az immunglobulin-osztályváltás is a germinális centrumokban történik. A germinális centrumoknak kiemelt jelentőségük van a B-sejtes tolerancia kialakulásában is. A follicularis dendritikus sejtek Fc-receptoraik és komplementreceptoraik révén kulcsszerepet játszanak az antitesttel komplexben levő natív (nem lebontott) antigének „ott-tartásában”, a B-lymphocyta aktivációban és a másodlagos immunválasz kialakulásában.

A medullaris rétegben elsősorban immunglobulint aktívan szecernáló plazmasejtek találhatók. A medullaris sinusokban sok macrophag is kimutatható.

A több ponton belépő nyirokerek tartalmukat a tok alatti sinusokba ürítik. Az afferens és efferens vérerekkel egy helyen, a hiluson át távozó efferens nyirok nagy mennyiségű antitestet és a „bemenő értékhez” képest mintegy 50-szeres számú lymphocytát is tartalmaz. Ezek egy része a nyirokcsomóban jött létre, de túlnyomó többségük a vérből származik, ahonnan egy különleges érfalszerkezeten, a speciális posztkapilláris venulák magas endothelrétegén („high-endothelial-venules”– HEV) át lépett be a nyirokcsomóba. Ezen a területen az adhéziós molekulák száma és minőségi összetétele jellegzetesen megváltozik. A nyirokcsomó makroszkóposan is észlelhető megnagyobbodását két tényező okozza. Először is, a helyi antigénstimuláció során a keringésből a lymphocyták a HEV-en át jóval nagyobb (8–10-szeres) arányban lépnek be a nyirokcsomóba. Másodszor, a sejtosztódás nagymértékű fokozódása, a sejtek klonális felszaporodása következik be.