A test különböző pontjain, a nyálkahártyával borított felszíneken sokféle lymphoid szövet található. Ilyenek a gastrointestinalis (GALT) és a bronchoalveolaris (BALT) rendszerrel kapcsolt szövetek. Egyesek szerint a MALT-nak kiemelt (bizonyos nézetek szerint elsődleges) szerepe van a B- és T-lymphocyták fejlődésében is, de elsősorban másodlagos nyirokszövetként vehető számításba, a MALT-ban található a legtöbb lymphocyta. Fontos szerepet tölt be az emésztőrendszeren és a légzési utakon a szervezetbe került antigének kiszűrésében. A MALT részét képezik a bélbolyhok nyálkahártyarétegében és a hörgőkben submucosalisan szerveződő lymphoid sejtcsoportok és a jobban szervezett struktúrák: a mandulák (tonsilla), a féregnyúlvány (appendix) és a Peyer-féle plakkok. A szájon, illetve az orron át bejutó antigéneket kiszűrő mandulák és adenoidok reticularis állománya lymphocytákat, dendritikus sejteket, macrophagokat, hízósejteket és granulocytákat tartalmaz. A nyirokcsomókhoz hasonlóan, a follicularis zónákban főleg B-, a parafollicularis részekben elsősorban T-lymphocyták fordulnak elő. A vékonybél Peyer-plakkjaiban valamint a vastagbél és a végbél magányos nyiroktüszőiben a germinális centrumokkal rendelkező folliculusok közvetlenül a bélnyálkahártya hámja mellett helyezkednek el. A tüszők feletti, úgynevezettt folliculusszal asszociált epithelium (FAE) jellegzetes sejttípusa az M(microfold) sejt (2.9. ábra). Az M-sejtek nem rendelkeznek a bélhámsejtekre jellemző mikroboholyrendszerrel (apicalis részükön kevesebb a glycocalyx), kevesebb emésztőenzimet termelnek, és igen jelentős fokú endocitotikus aktivitás jellemzi őket. Basolateralis felszínükön a plazmamembrán mély bemélyedései, „zsebei” figyelhetők meg, melyben T- és B-lymphocyták, valamint antigénbemutató sejtek találhatók. Ez a jellegzetes felépítés azt segíti elő, hogy lerövidüljön az endocitotikus vezikulumok által az apicalis felszíntől a basolateralis felszínig megteendő távolság, tehát gyorsabbá és hatékonyabbá váljék ezáltal a béllumen felőli transzcitózis. Az M-sejtek a bél lumen makromolekuláiból és mikroorganizmusaiból vesznek folyamatosan „mintát” és továbbítják igen hatékonyan a hám alatti lymphoid szövet felé. Az M-sejtek antigénfelvételének mechanizmusa nem tejesen tisztázott, fagocitózisra emlékeztet, bár a makropinocitózis és receptormediált endocitózis sem kizárható. Tekintettel arra, hogy mindössze néhány mikronnyi távolságot tesz meg az M-sejteken belül a felvett antigén, így feltehetőleg nem kerül sor a sejten belüli lebontásra. Újabban a béllel asszociált T-sejtek (intestinalis intraepihelialis lymphocyták – IEL) különleges sajátosságait írták le. Így a bél kiemelt szerepét feltételezik az extrathymicus T-sejtérésben.