A hagyományos oltóanyagokban erre a célra a teljes kórokozó betegséget nem okozó változatát, így elölt vagy inaktivált vírusokat (influenza, veszettség, gyermekbénulás Salk-vakcina) vagy az emberi sejtekben kevéssé szaporodó, súlyos betegséget nem okozó élő, legyengített (attenuált) kórokozókat (kanyaró, mumps, három eltérő törzset tartalmazó gyermekbénulás Sabin-vakcina, Bacille Calmette-Guérin/BCG intracelluláris baktérium) alkalmaznak. A tényleges patogénekhez legjobban az élő kórokozót tartalmazó vakcinák hasonlítanak, de alkalmazásuk a nagy hatékonyság mellett potenciális veszélyekkel is járhat, mivel a legyengített kórokozó bizonyos egyedekben visszanyerheti patogenitását. Így pl. a Sabin-csepp alkalmazásakor elsőként kis immunogenitású, de inaktivált oltóanyagot alkalmaznak, majd a már felkészített szervezetbe juttatott „emlékeztető” immunizálás során adják az élő vírust. Mivel a teljes vírus vakcinák előállítása sok esetben nem lehetséges és a nukleinsavak inaktivációja sem biztonságos, nagy jelentősége van az alegység (subunit) oltóanyagoknak, amelyekben az adott kórokozónak csak azon szerkezeti egységeit (pl. vírusból származó vagy rekombináns felszíni fehérje) használják az immunválasz kiváltására, amelyek neutralizáló ellenanyagok képződését váltják ki (pl. hepatitis-B-vírus felszíni antigén/HBsAg).

A tokos baktériumok (Streptococcus pneumoniae, Salmonella, Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae) felszínét a patogenitást és az antigén tulajdonságokat meghatározó faj- és törzsspecifikus ismétlődő szénhidrát-alegységek (poliszacharidok) burkolják, melyek az alternatív úton át nem aktiválják a komplement rendszert. A poliszacharid-alegység vakcinák felnőttekben a T-sejtektől független, IgM típusú, komplement aktiváló ellenanyagok képződését váltják ki, de két évesnél fiatalabb gyermekekben nem indukálnak hatékony ellenanyag választ. Ha a szénhidrát-alegységeket kovalensen olyan fehérjehordozóhoz (pl. diphteria toxoid) kapcsolják, amelyek a helper T-lymphocyták aktivációja révén IgG-típusú, szénhidrát-specifikus ellenanyagok képződését váltják ki, a gyermekekben is hatékony alegység vakcinát lehet előállítani (gyerekkori agyhártyagyulladást megelőző H. influenzae oltóanyag). A CD4+ és CD8+ T-sejtek által felismerhető több epitóp aminosav szekvenciáját magukban foglaló szintetikus peptidek bizonyos esetekben hordozó nélkül is alkalmazhatók alegység vakcinaként, de felhasználásukat a T-sejt felismerés MHC függése jelentősen korlátozza.