A komplementfehérjék nevezéktana két elvet követ. Történeti okokból nyomtatott C betűvel és 1-től 9-ig terjedő számozással az ún. klasszikus reakcióút komponenseit jelezzük, ahol a C a komplementhez tartozásra, a szám pedig a kaszkádreakcióban elfoglalt helyre utal (tehát a reakció a C1 aktiválódásával indul). Megjegyzendő, hogy van kivétel a szabály alól: az aktiváció során a C4 megelőzi a C2-t és C3-at, lásd később. Az ún. alternatív reakcióút komponenseit nagybetűvel jelöljük és faktornak nevezzük (pl. B-faktor, D-faktor). A kaszkádreakció alapvető jellegzetessége, hogy az inaktív proteázok aktiváció után a kaszkád következő elemét hasítják, melynek során egy kisebb („a”-val) és egy nagyobb („b”-vel) jelölt rész keletkezik, tehát a C4 az aktivált C1 hatására C4a-ra és C4b-re hasad. Szinte természetes, hogy ez alól a szabály alól is van kivétel: a C2 hasadása után a C2b-vel jelölt termék nagyobb a C2a-nál (és előbbi nyeri az enzimfunkciót). Ha egy fragmens tovább hasad, akkor azt további betűkkel jelöljük (pl. a C3b-ből C3c és C3d keletkezik). Az enzimatikus funkciót nyert aktív fragmentek jelölése gyakran a név fölötti vonással vagy csillaggal történik. Az enzimatikus funkciójukat vesztett fragmensek elé „i” betűt helyezünk (pl. iC3b). A legutóbb feltárt lektin-útvonal komponenseit a fehérjék elnevezéséből képzett betűszavakkal jelöljük (pl. mannan binding lektin – MBL). A komplement szabályozásában részt vevő oldott és membránhoz kötött regulátoros fehérjék elnevezése leíró jellegű, és az utóbbiak a CD nevezéktanban is szerepelnek (pl. membrane cofactor protein – MCP, CD46). A komplementreceptorokat CR betűkkel és számozással (pl. CR1, ami azonos a CD35-tel) jelöljük. Ha több molekula vagy fragmens egy komplexet hoz létre, akkor ezeknek jeleit egybeolvasztva írjuk (pl. C3bBbP*), és a többször előforduló elem számát alsó indexbe tesszük (tehát a C1qr2-s2 komplex egy C1q, két C1r és két C1s alegységet tartalmaz).