Az ellenanyagok (4.1.1. ábra) funkcionális különlegessége az, hogy két különböző típusú kapcsolat kialakítására képesek. Egyfelől specifikusan megkötik az antigént és az ún. immunkomplexet alkotják. Legalább ilyen fontos azonban a molekula másik részén kialakuló kapcsolat, amelynek során az ellenanyag biológiailag hatékony funkciókat (komplementkötés és aktiváció, celluláris receptorokhoz való kötődés) vált ki. Ezeknek a kapcsolatoknak egy része csak az antigén megkötést követően jön létre, azaz a folyamat feltétele, hogy az antigénkötés az ellenanyag másik részén térszerkezeti változással járjon, és bizonyos addig rejtett molekularészek felnyíljanak. Más részük azonban a szabadon keringő ellenanyagok esetén is kialakul. Ez utóbbi kapcsolatok során az ellenanyag olyan receptorokhoz kötődik, amelyek főként a szervezeten belüli megoszlását szabályozzák. Ilyen receptorokhoz köthető mechanizmus biztosítja többek között azt, hogy az ellenanyag az anya keringéséből a placentán keresztül a magzatba jusson, vagy azt, hogy a nyálkahártya felszínére szekretálódjék.

Az ellenanyagok a szervezet szinte minden részében megtalálhatók, akár a biológiai váladékokban, akár egyes sejtek felszínéhez kötve. A vérplazma immunglobulin tartalma véralvadék képzése során a szérumban marad. Antiszérumnak hívjuk azt a terméket, amelynek ellenanyag tartalma bizonyos kórokozókhoz specifikusan kapcsolódik. A szérum egy bizonyos antigénre specifikus ellenanyag tartalmát sok esetben a szérum sorozat hígításával és a hígított minta antigénnel mutatott reakciójával jellemzik. Titernek nevezzük azt a hígítási értéket, amelynél látható antigén-antiszérum reakció már nem alakul ki. Ha egy szérumban nagy mennyiségben van jelen a kórokozóra specifikus ellenanyag, akkor magas titerű antiszérumnak nevezzük.

Egy egészséges 70 kg testsúlyú ember naponta mintegy 3 gramm ellenanyagot termel. Ennek a mennyiségnek mintegy két-harmad része IgA típusú molekula, amelyet a nyálkahártyában (légzőrendszer, bélcsatorna, húgy- és nemi utak) található B-lymphocytákból differenciálódó plazmasejtek termelnek, és amelyek az epithelsejtek aktív szekréciós tevékenységével a nyálkahártya felszínére kerülnek. Ennek a jelentős mennyiségű ellenanyagnak a termelése és szekretálása egyben az említett szervek nyálkahártya felületeinek hatalmas méretét is tükrözi. A vérben és a szövetek között az IgG molekula mutatható ki a legjelentősebb mennyiségben. E molekula gyors lebomlását, az albuminhoz hasonlóan, egy endothel sejtben expresszálódó receptor (FcRn) akadályozza meg, és ezért felezési idejük kimagaslóan hosszú a vérplazma többi proteinjéhez képest (kb. 3 hét). Megjegyzendő, hogy az ellenanyag termelés mértéke függ az egyént körülvevő mikrobiális környezettől. Hosszú ideig tartó szélsőségesen tiszta, esetleg steril környezet hatására az ellenanyag termelés jelentősen csökken. Ezt a jelenséget sterilen tartott kísérleti állatokban figyelték meg, amelyekben a vér ellenanyag mennyisége töredéke a normál környezetben tartott állatokhoz viszonyítva.