A két „félmolekulát” (L-H) is kovalens és nemkovalens kötések kapcsolják össze. A diszulfidhidak, melyek száma alosztályonként eltérő, IgG-ben pl. a kapocsrégió C-terminális részén találhatók. A legtöbb nemkovalens kölcsönhatás a H-lánc CH3-doménjeit fűzi egybe. A CH2-domének másodlagos, nemkovalens kapcsolódását az itt viszonylag jelentős mértékű N-glikoziláció akadályozza meg.

Az immunglobulin-kutatás egyik jelentős biokémiai lépése volt annak felismerése, hogy különböző proteolitikus enzimek limitált emésztése nyomán különböző immunglobulin-fragmentumok állíthatók elő. Ezek a kutatások zömmel IgG-re (és ezen belül is először nyúl IgG-re) vonatkoztak. Papainnal a CH1- és CH2-domén közti kapocs szakasz „vágható” el, melynek eredményeképpen az immunglobulin-molekula három darabban jelenik meg. Ebből kettő a hasítási ponttól N-terminálisan elhelyezkedő molekularészeket reprezentáló, ún. antigénkötő fragment (Fab – fragment antigen binding), a harmadik a vágási ponttól C-terminálisan lévő, a diszulfiddal kapcsolt, CH2-CH3 doménekből álló fragmentumot sikerült kristályosítani, innen ered a neve (fragment, crystallizable). Az Fc-régió az intakt molekulában térben jelentősen elkülönül a CDR-ket hordozó specifikus antigénkötő variábilis elemektől. Ez a fragmentum felelős tehát az immunglobulin-molekula legtöbb biológiai (effektor) funkciójáért. Ezen effektor funkciók közé tartozik a komplementkötés és aktiválás (IgM, IgG1, IgG3) (3.5.4. fejezet), a phagocytasejtek (3.3. fejezet) Fc-receptoraihoz (3.2. fejezet) való kötődés (IgG1, IgG3, IgG2), a placentán való átlépés, B-lymphocytákon az immunválasz negatív szabályozása (7.1.7., 8.5 fejezetek), a hízósejtek és a basophil granulocyták nagyaffinitású Fc-receptoraihoz való kötődés (IgE, IgG4) és ezzel azok degranulációjában (13.2. fejezet) való részvétel. Ha pepszint használnak az immunglobulin-molekula emésztésére, a vágási pont a kapocs régió (és a diszulfidhidak) területétől C-terminálisan, a CH2-doménban van, ekkor a bivalens IgG-molekula két független antigénkötő szakaszai (F(ab')2) és kisebb méretű (gyakran teljesen leemésztődő) Fc-fragmentumokat tartalmazó származékok keletkeznek (4.1.7. ábra).