Egyes intracellulárisan túlélő vagy osztódó mikroorganizmusok fehérje antigénjeiből származó peptidek (13.4. fejezet) – bár az exogén útvonalon keresztül kerülnek be a gazdasejtbe – nemcsak az MHC-II, de az MHC-I-molekulákhoz kapcsoltan is bemutatásra kerülhetnek. Továbbá a phagocytasajátsággal rendelkező macrophagok és konvencionális dendritikus sejtek (DC) az apoptózissal és/vagy nekrózissal elpusztult vírussal fertőzött és/vagy tumorsejtek felvétele révén internalizált exogén vírus- és tumorantigéneket is bemutathatják az MHC-I-molekulák közvetítésével. Ezt a folyamatok „keresztprezentációnak” („cross presentation”) nevezik, mivel a folyamat során a vírus- vagy tumorantigének a fertőzött vagy malignus sejt felvétele útján fizikailag átkerülnek a hivatásos APC-be. Az így bekerült exogén antigének átjutása az endogén antigénprezentációs útvonalra többféle módon következhet be. Egyik lehetőség, hogy a korai endoszómában képződő 3–20 kDa molekulatömegű fehérje fragmentumok valamilyen aktív transzport folyamat révén átjutnak a citoszólba, ahol a proteaszóma tovább hasítja őket. Másik lehetőség, hogy az ER membrán és a fagoszóma fúziója olyan vezikulumokat eredményez, melyekben az exogén antigénekkel együtt calreticulin, TAP és tapazin is jelen van, miközben a proteaszóma a külső membránhoz kapcsolódik. Ebben az esetben is szükséges az antigénfragmentumok átjutása a citoszólba, majd a peptidek TAP általi visszapumpálása a hibrid vezikulumba.