A jól működő immunrendszer nem csak fókuszál a megfelelő epitópra, de válaszában tükröződik az is, hogy milyen „környezetből” származott az a peptid, amit a Th-sejt-készlet felé bemutat. Egy megfelelően működő immunrendszernek ugyanis nem mindegy, hogy egy 9 aminosavból álló peptid pl. egy patogén vírus köpenyéből, vagy egy ártalmatlan táplálkozási antigénből származott-e. A szervezetnek az a szükséglete, hogy az előbbire határozott, gyors reakciót adjon, az utóbbit pedig ne vegye figyelembe, neutrálisnak tekintse. Az immunrendszer ezt a problémát is megoldja, és bár erről a képességéről is keveset tudunk, annyi azonban bizonyos, hogy a klónszelekció ténye önmagában nem ad elegendő választ. A fenti példát folytatva lehetséges, hogy a vírusköpeny antigénje egy bizonyos (aktuális) kostimulációs mintázat mellett a komplement alternatív útját is aktiválja, és a keletkező C3b-fragmentumok adják azt a „környezetet”, ami a specifikus antigénnel együtt pozitív választ indít. Régi tapasztalati megfigyelés emberek vakcinálásánál és állatok immunizálásánál, hogy az antigén hordozóanyagának megválasztása, sőt a keverés módja is döntő jelentőségű az immunválasz mennyiségi és minőségi kimenetele szempontjából. Ebben az esetben is azokról a ma még nem teljesen ismert mechanizmusokról van szó, amelyekben az antigén „kontextusa” lényeges szerepet játszik. Egyértelmű azonban, hogy a természetes immunitás folyamatainak (3. fejezet) kiemelt jelentősége van a szervezet számára gazdaságos „immunignorancia” kialakításában.