A természetes immunválasz mechanizmusai és a patogének által kiváltott gyulladási reakciók jelentősen hozzájárulnak a kórokozók elleni hatékony immunválasz kialakulásához és a sikeres vakcinációhoz is. Az alegység vakcinák esetében a tisztított patogén eredetű fehérjék vagy a szintetikus peptidek önmagukban nem váltanak ki gyulladást az oltás helyén és ezért gyenge immunogének. Ezért az ilyen típusú vakcinák fontos komponensei az adjuvánsok, amelyek a természetes immunválasz aktivációja révén fokozzák a kiváltott immunválaszt. Az állatkísérletekben leggyakrabban alkalmazott adjuváns a komplett Freund-adjuváns, mely ásványi olajban szuszpendált elölt Mycobacteriumokat tartalmaz. Az adjuváns gyulladást keltő hatóanyaga a természetes immunitást aktiváló bakteriális sejtfal komponensek, melyek aktív komponense az N-acetylmuramyl-L-alanin-D-isoglutamin (MDP). Az antigén vizes oldatával képzett olaj-víz emulzió elősegíti a fehérjék hivatásos APC-ek általi felvételét. Emberi alkalmazásra leggyakrabban aluminiumsó-alapú géleket alkalmaznak, amelyek biztonságosak ugyan, de a Th2-sejtek aktivációja révén elsősorban az ellenanyag képződést és nem a celluláris immunválaszt segítik elő. Az újonnan kifejlesztett adjuvánsok között speciális olaj-víz emulziók, immunstimuláló komplexek (ISCOM) vagy a TLR-ek aktiválására képes szintetikus ligandumok is megtalálhatók. Ezek az adjuvánsok vagy közvetlenül aktiválják a DC-ket, vagy indirekt módon hatva gyulladásos sejteket toboroznak az oltás helyére és ezáltal segítik az immunrendszer stimulálását. Az immunizálás hatékonyságát jelentősen befolyásolja a beadás helye és módja is. A legtöbb vakcinát bőrbe vagy izomba oltva alkalmazzák, ami a legtöbb patogén esetében nem a természetes bejutás módja. Ennél hatékonyabb, egyszerűbb és olcsóbb lenne a mucosalis felszíneken keresztül történő bejuttatás, de ennek optimális és biztonságos módja még nem kidolgozott.