Az EEG-vizsgálatokat számos helyen alkalmazzák. A klinikai gyakorlatban az epilepszia diagnosztikájának területén játszik fontos szerepet. Alkalmazható különböző pszichológiai problémák, például zavart vagy demens beteg vizsgálatánál, de használják agyhalál megállapítására is. Kutatási területeken például az alvás élettani kutatásaira használják a készüléket. A széleskörű felhasználási lehetőség ellenére még nem terjedt el annyira a használata, mint például az EKG-nak. Ennek egyik oka, hogy viszonylag sok ideig tart a vizsgálat előkészítése, aminek az egyik oka, hogy sok elektródát kell felhelyezni. Továbbá a nagyon kicsi, µV-os amplitúdójú jeleket kell érzékelni és feldolgozni, ezért nagyobb figyelmet kell szentelni a bőr–elektróda kontaktus javítására, ami szintén növeli a vizsgálat előkészületének idejét. Ráadásul sok esetben más vizsgálati módszerek jobb, pontosabb eredmény adnak, mint az EEG-vizsgálat, például fMRI-vizsgálattal, sokkal jobb térbeli felbontás érhető el, mint ami az EEG-vel elérhető. Mégis jelenleg úgy néz ki, hogy az EEG-nek megvan a maga biztos helye az agyi idegi tevékenységek vizsgálatának területén, mert viszonylag olcsó a készülék (pl. egy fMRI-hez vagy MEG-hez képest) és sok esetben nincs szükség a jóval drágább berendezések által nyújtott többletinformációra.