1987/88-ban tért vissza Magyarországra. IBB Kft. és Intergold Kft. néven arany- és ezüstkereskedelemre szakosodott vállalatokat hozott létre. (International Bullion and Metal Broker Ltd. néven Kovácsnak Londonban működött cége). A magyar leányvállalat a vezetője ifjabb Grósz Károly volt, az akkori miniszterelnök-pártelnök fia.2 1989 táján Kovács Demján Sándor közvetítésével részt vett az Intervideo Kft. megalapításában, s ebben – egy rövid ideig – Fenyő János is társ volt. Egyik jelentős – és nagy port kavaró – befektetése volt a Környei Mezőgazdasági Kombinát megvásárlása.

Kovács 1992-95 között – soha meg nem nevezett - angol befektetők nevében, több lépcsőben tőkét emelt az Agrobankban, s így került az IG elnöki székébe (⇓9.5.3). Először 1994 novemberében, másodszor 1995 május elején tartoztatták le, de néhány nap után mindkét esetben szabadlábra helyezték. A hosszan elhúzódó Agrobank-perben 1998 áprilisában – néhány nappal a választások előtt - bűnsegédként jogerősen 1½ év, 3 évre felfüggesztett börtönbüntetésre ítélték. A per ideje alatt Kovács vagyonát zárolták, 10 hónapig az országot sem hagyhatta el, az ítélet után pedig eltiltották az ületi életben való részvételtől.

Egy másik per is indult, amely már a nyomozati szakaszban összekapcsolódott az Agrobank csődjével. Kovácsot azzal vádolták, hogy 1989-93 között szabálytalanul bonyolította magyarországi aranyüzleteit. 1995 május elején második letartóztatásának ügye összekapcsolódott az Agrobank kényszerállamosításával. Ekkor már új emberek által a magyar pénzügyi rendszer élén. Bokros Lajos és Surányi György nyomására Kovács rákényszerült arra, hogy – a továbbra sem megnevezett külföldi tulajdonosok nevében – eladja részvényeit. Memoárja szerint tulajdonosokként 5000 Ft-ot kapott a részvényekért, miáltal 2 Mrd Ft vesztesége keletkezett. Az aranykereskedelmi per évekig húzódott. Közben kiderült, hogy az IBB nem pusztán ékszerkereskedelemmel foglalkozott, de szerepet játszott az MNB felesleges aranykészleteinek értékesítésében is. Ezen a szálon keresztül azután az ügy összekapcsolódott Surányi György személyével, pontosabban Surányi első MNB-s elnöki tevékenységével. A kormányzó jobboldal számára az ügy egyszer csak megint fontos lett – egyebek mellett az Országgyűlésben is elhangzottak interpellációk. Végül 2001 októberében Kovácsot első fokon, majd 2002 júniusában másodfokon, jogerősen is felmentették a csempészet és adócsalás vádja alól3, az MNB aranykészletének eladásával összefüggő ügyek már korábban, a vádemelés szakaszában tisztázódtak. Kovácsot a perek során – többek között - Bárándy Péter, a későbbi igazságügyi miniszter is védte. A perek lezárultával Kovács elhagyta Magyarországot, és soha nem jelent meg hír arról, hogy visszatért volna.