Az egyezményes hangjelölés fonetikus jellegű: nemcsak alapjel kiválasztásával ragadhatunk meg egy szóban forgó hangárnyalatot, a fonetikai részleteket a képzés helyét, módját vagy időtartamát módosító mellékjelek használatával pontosíthatjuk. A kifejezett fonetikus jelleget mutatja, hogy még azonos fonémához rendelhető hangárnyalatokat is jelölhetünk különböző alapjellel, még azonos nyelvjáráson belül is. Így például az e magánhangzó különböző árnyalatainak megragadására alkalmasak – többek között – a következő fonetikus szimbólumok: e̬, ä̭, ä.

Az egyezményes hangjelölés az igen különböző, gyakran térbeliséget is mutató hangárnyalatok lejegyzésére alkalmas, tehát az akár igen apró, ám jellegzetesnek gondolt hangárnyalatok megkülönböztetésének igénye hozta létre a jelölés rendszerét. Az egyes hangminőségek jelölésmódja következetes, ugyanis a szimbólumok (akár alapjel-mellékjel kombinációk) használatát a lejegyzés kialakult gyakorlata pontosítja.

Az alapjelekkel (például: a, á, é, ty) kifejezett viszonyítási minőségek viszonylag szilárdak, a 20. század közepén a nyelvatlaszokon dolgozó nyelvészek körében köznyelvi ejtésűnek ítélt hangzóminőségek alkotják a hangjelölés gerincét. Így például az a szimbólum egyszerűen és megbízhatóan utal az a magánhangzó köznyelvinek tartott ejtésmódjára (például az alma szóban), a mellékjellel nyíltabbnak (a̬) vagy zártabbnak (a̭) jelölt változat esetében is egészen egyértelmű, hogy milyen viszonyítási hangzóminőséghez képest van apró eltérés a nyelvállásban. (Ha valamilyen megfontolásból az IPA szimbólumaival akarnánk leírni valamelyik a-féleséget, sokkal bizonytalanabb lenne, milyen hangértékre utalhatunk például az [ɔ] szimbólummal, különösen azért, mert az IPA esetében a magyar nyelvváltozatok vonatkozásában nincs kikristályosodott lejegyzői gyakorlat, amely eligazító hatású lenne.)

Nem szükséges elméleti síkon is vitatható fonetikai definíciót tulajdonítanunk a jelölt hangoknak: a gyár szó első mássalhangzóját a gy fonetikus szimbólummal jelöljük, de ebből nem következik, hogy azt zárhangnak vagy affrikátának tekintjük. Hasonlóképpen a dzsem szó első mássalhangzójának fonetikus jele a dzs, és a hangjelölés gazdag gyakorlata a gy és dzs között két köztes hangárnyalat jelölési módját is meghatározza (gy˲ , dzs), miként például a gy és j közti átmenetek jelölését is (gy˽ , j)̺ . Ezek a szimbólumok lényegében ugyanazokra a hangárnyalatokra utalnak minden képzett dialektológus számára, függetlenül attól, hogy az illető a j hangot approximánsnak vagy netán zöngés réshangnak tekinti. A hangjelölés lehetőséget biztosít például l és r közötti átmenet megragadására is, méghozzá azért, mert az ilyen hangárnyalatok egy-egy területre jellemzők lehetnek. A magyar dialektológia igényeire választ adó egyezményes hangjelölés tehát számos lehetőséget biztosít, némelyiket nehézkes vagy erőltetett volna egy olyan jelölő rendszerben megoldani, amelyet nem kifejezetten a magyar nyelvváltozatok lejegyzésére alkottak meg.

A köznyelvszerű á-nál kissé hátrább, kissé labiálisabban és kissé magasabb nyelvháttal ejtett magánhangzó-árnyalatot (amelynek, ha akusztikailag vizsgáljuk, az első és különösen a második formánsát is alacsonyabbnak találjuk) a már évtizedekkel ezelőtt kiforrott gyakorlat szerint egyetlen, látszólag a nyelvállást módosító mellékjellel szokás jelölni (á̭). Korábban az enyhe labializáltságra utaló mellékjel használata is előfordult, különösen az erdélyi hagyományban, ám a domináns gyakorlat ezt teljesen kiszorította, így a nyelvállásra utaló mellékjelek váltak a legszokásosabbá a magánhangzó-árnyalatok jelölésekor. Az elméletileg rendelkezésre álló alapjel-mellékjel kombinációknak tehát csak egy részét használhatjuk, ha meg akarunk felelni a hangjelölés kialakult gyakorlatának.

A fentiek értelmében elmondhatjuk, hogy az egyezményes lejegyzésnek – különösen az apró fonetikai különbségek megragadásában – komoly erősségei vannak, amelyek elsősorban a viszonyítási hangminőségek megnyugtató egyértelműségéből és a lejegyzésnek a gyakorlatban kikristályosodott normáiból következnek. Mindez azt is jelenti, hogy elviekben nagy a koherencia az egyezményes hangjelölés használatában, legalábbis világos az erre való törekvés. Szükséges ugyanakkor egy-két példa erejéig kitérni következetlenségekre is, amelyek a lejegyzési gyakorlat gyenge pontjaira világítanak rá.

Noha a magánhangzók lejegyzésénél a MNyA. készítői nagyfokú fonetikai pontosságra törekedtek, az ë (a dialektológiában standard elnevezéssel: „zárt ë”) hang jelölése nem mutat változatosságot az atlaszban. Annak ellenére sem, hogy hangfelvételeket vizsgálva az ë nyíltabb realizációi a Dunántúl nyugati részén egészen általánosnak tűnnek (vö. Vargha 2013; 2018), helyenként nyíltságban a köznyelvszerű e-vel vetekednek – miközben az ë, egyezményes fonetikai minősége szerint, csak egy árnyalattal lenne nyíltabb, mint az é. Az atlasz lejegyzési gyakorlatának erre a furcsaságára már Imre Samu is felfigyelt (Imre 1971, 272), hiszen a zárt ë esetében nem tudott sem kvantitatív elemzést, sem térképet készíteni azokról az ejtésbeli különbségekről, amelyekről a gyűjtőmunka során tapasztalatokat szerzett. A zárt ë hangok előfordulásai a MNyA. lejegyzéseiben tehát inkább csak arra utalnak, hogy egy adott kutatóponton megkülönböztetnek kétféle e-szerű hangot, de nem alkalmasak arra, hogy következtetni tudjunk a zárt ë pontos hangminőségére a szóban forgó településen. Ez a gyakorlat tehát egy fonológiai szempont érvényesítésére szorítkozik, így szembemegy az egyezményes lejegyzés hangsúlyosan fonetikus jellegével.

Az egyezményes hangjelölésnek az atlaszmunkák gyakorlatában jelentkező másik gyenge pontja a megcélzott fonetikai pontossági szinttel függ össze. A RMNyA. és a MCsNyA. hangjelölési gyakorlata, bár a MNyA.-éval közös alapelvekre épül (a hangjelölés gyakorlatáról a MNyA. esetében részletes leírás is készült, Benkő 1975), néhány apróságban mégis eltér, a legfontosabb különbség a diftongusok lejegyzését érinti. Az erdélyi dialektológusok által készített adattárakban a diftongusok jelölése igen változatos, a nyomatékeloszlás jelölésére három fokozatot is megkülönböztettek. A MNyA. terepmunkásai e tekintetben tudatosan bizonyos mértékű egyszerűsítésre törekedtek, hogy minél jobban kiküszöbölhetők legyenek az egyéni lejegyzői gyakorlatokból, illetve a gyűjtők nyelvjárási hátteréből adódó különbségek, következetlenségek (Benkő 1975, 142–143).1

A teljes magyar nyelvterületet a MNyA. önmagában nem fedi le, ezért, ha átfogó nyelvföldrajzi vizsgálatokat akarunk végezni, mindenképp szükséges két nagyatlaszunk, a MNyA. és a RMNyA. integrálása. A lejegyzői, gyűjtői gyakorlatból adódó akár apró, ám következetes eltérések a kvantitatív, sok száz térképlapot automatikusan elemző eljárások használatakor fölerősödhetnek, összeadódhatnak, ezért számolnunk kell az adattárhatással: a hangjelölési gyakorlatban mutatkozó bizonyos különbség könnyen nyelvi különbség látszatát eredményezi. A lejegyzés fonetikai információtartalmának csökkentésével mérsékelhető ugyan az adattárhatás (Kocsis–Vargha 2016; Vargha 2017, 67–89), ám ez a megoldás nem alkalmazható akkor, ha kifejezetten a finom fonetikai különbségek mentén vizsgáljuk a térbeli mintázatok alakulását.

Az egyezményes hangjelöléssel lejegyzett adatok nagy, és jelenleg is folyamatosan növekvő száma óhatatlanul magában hordozza különböző anomáliák veszélyét. Ilyen például hehezetesnek jelölt mássalhangzók előfordulása a MNyA. kórógyi kutatópontján. Magyar beszélőközösség esetén eleve nem is számíthatunk hehezetes mássalhangzókra, Kórógy földrajzi környezetében nincsenek is olyan nem magyar nyelvváltozatok, amelyek ilyen mintát jelentenének, ráadásul nem tudunk olyan hangfelvételről, amelyen nyoma lenne a hehezetes ejtésnek. Nehéz magyarázatot találni e jelölésre, talán egy idiolektális jelenséget értelmezett hehezetként a terepmunkás.

Ha a fenti példákban illusztrált következetlenségektől és furcsaságoktól el is tekintünk, az adatok lejegyzése akkor is, még megfelelő jelölési rendszerrel és kiforrott gyakorlattal is igen összetett feladat.

A nyelvjárási atlaszok általában impresszionisztikusan lejegyzett nyelvi adatokat adnak közre. Noha ezek az adatok részletekbe menő fonetikai lejegyzésben kerülnek elénk, esetlegességeket tartalmaznak, és szükségszerűen tükrözik a lejegyző előzetes elvárásait, vagyis alapvetően az adott nyelvjárás már ismert jellegzetességeit igyekeznek visszaadni. A hangjelölési rendszer önkényessége (gondoljunk például a viszonyítási hangzóminőségek között a lejegyző által választható hangárnyalatok kötött számára) elméletileg sem teszi lehetővé az ideális lejegyzést, a konkrét realizációkban meglévő bizonyos mértékű ingadozás, változatosság csak növeli a lejegyzői benyomások esetlegességeit. Nem véletlen, hogy a fonetikus lejegyzések megbízhatóságával kapcsolatosan az utóbbi évtizedekben felerősödött a kritika.

A fenti észrevételekkel szembenézve minden egyes lejegyzett nyelvi adatot – egyenként véve – esetlegesnek, bizonytalan értékűnek kell tekintenünk, hasonlóan ahhoz, ahogy egy magánhangzó akár manuálisan mért, akár valamilyen beállítások szerint automatikusan megállapított formánsértékeit is – önmagukban – pontatlannak, megbízhatatlannak gondoljuk. Ugyanakkor azt sem felejthetjük el, hogy minden lejegyzés tükröz fonetikai tényeket, és alighanem több fonetikai információt tartalmaz, mint esetlegességet. Ha lejegyzésekkel dolgozunk, az a feladatunk, hogy csökkentsük a lejegyzésben rejlő szubjektivitást.

Ahhoz, hogy egy kutatóponton egy jellegzetes hangminőséget megragadjunk, olyan módszerre van szükségünk, amely egyaránt képes fölülemelkedni a hangjelölési rendszer önkényességén, a lejegyzői szubjektivitáson és a konkrét realizációkban meglévő ingadozáson. A megoldást a kvantitatív megközelítés jelenti, lehetővé téve a lejegyzett adatokban rejlő szubjektivitás bizonyos mértékű kiküszöbölését: az egyes adatok lejegyzésében lévő bizonytalanságok, esetlegességek (vagyis az ideális lejegyzéshez képest a különböző irányú eltérések) több száz adat együttes áttekintésekor kiegyenlítik egymást.

Kvantitatív megközelítésben még olyan nyelvföldrajzi elemzésre is használhatjuk az informatizált atlaszadatokat, amely alkalmas az egyes magánhangzóminőségek folyamatos és fokozatos térbeli változást mutató mintázatának megjelenítésére is. Az egyes szimbólumokhoz, a kialakult lejegyzési szokások ismeretében, hanggal összekapcsolt lejegyzések alapján becsült formánsértékeket rendelhetünk, amelyek magánhangzó-minőséget fejeznek ki. Az 1. ábrán látható térkép elkészítéséhez kidolgozott elemzési módszer alapvetése, hogy – bármely magánhangzó esetében – az egyes hangszín-realizációk gyakoriságát figyelembe véve, a különböző hangszínárnyalatokat jelző szimbólumokhoz rendelt jellemző formánsértékek súlyozott átlaga szerint megállapítható a kutatópontot jellemző magánhangzó-minőség (részletesebben l. Vargha 2020).

Az 1. ábrán az e lejegyzett hangtani variánsai alapján készített, az e kiszámított első formánsa tipikus értékeinek térbeliségét mutató térképet láthatjuk. Noha az elemzésnél figyelembe vett minden egyes magánhangzó-szimbólumot bizonytalannak és esetlegesnek tekintünk (a lejegyző néha inkább az egyik, máskor inkább egy másik fonetikai szimbólum elképzelt tartalmához közelinek érezte az elhangzott változatot, döntése mindig szubjektív és esetleges volt), a kvantitatív módszer minden településre egy tipikusnak tekinthető, számszerűen kifejezett minőséget (nyíltságbeli fokozatot) határozott meg, olyan ideális pontosságot célozva, amelynek kifejezésére maga a hangjelölés nem is alkalmas.